1.整理备查风险
（1）未建立合规的留底备查台账
除通行费电子发票需要认证抵扣外，其余可抵扣发票均无需认证，企业自行整理计算、留存备查。具体台账的设置规范可参考文章“四、普票可以抵扣了，我要怎么记账呢？”中的抵扣台账模板。
企业应及时登记台账，定期账实核对。未建立准确合规的台账将会增加企业数据查询、举证难度。外部机构对其进行核实也将产生困难，如税局对企业的征收管理问询、中介机构审计等。
（2）多填或漏填普票信息
日常企业生产经营中，除农产品发票外，通行费发票和国内旅客运输服务发票都是企业出差常见的票据。因该类发票金额较小、数量较多，整理登记工作相对繁琐，可能存在重复填列或少填漏填发票信息的风险，建议企业注意双向核对和定期复核。
（3）未完整保留原始票据
取得原始抵扣票据后，建议财务记账时使用复印件，原件单独整理存放。防止因发票过多或发票样式特殊，原件难以在凭证中整理黏贴，对票据的留存造成难度。
（4）抵扣票据重复报销
对于一些国内旅客运输发票，取得的报销凭证不止一种（例如乘飞机同时取得了电子普票和行程单），如果没有仔细分辨航程记录，有可能存在重复报销，重复抵扣进项的风险。
规避建议：飞机票报销规范可结合登机牌+行程单/电子普票形式，其他重复抵扣问题也可以借助第三方软件识别重复报销。
2.计算风险
（1）计算基数错误
1）日常工作中，对于能抵扣的普通发票有许多发票形式及规范、尤其是国内旅客运输发票，更是五花八门。这将直接导致财务人员正确识别可抵扣票据、确认可抵扣计算基数产生相当大的难度和工作量。因此，普票税额的计算基数判断，对财务人员的职业判断和专业能力提出了更高的要求。
2）适用一般计税方法的纳税人,兼营简易计税项目、免税项目，需要按比例划分，这也会造成财务计算税额的难点。
进项税额计算基数判定有误，会直接导致进项抵扣错误计算和申报的问题。
（2）计算税率错误
按照39号公告的规定，农产品扣除率改成9%，在购进时计算抵扣。而购进农产品用于生产13%税率的农产品，则可以在生产领用时加计扣除1%；旅客运输中的机票行程单、火车票按照9%计算抵扣，而其他客运发票按照3%计算抵扣……诸如此类的税率计算和规范很多，财务在整理繁多的报销发票进项税额抵扣时，很容易将税率搞混，从而导致抵扣金额发生错误。
3.申报风险
进项税额填列要求
如图所示，普票完成增值税进项抵扣，需要在增值税纳税申报时填列《增值税纳税申报表附列资料（二）》中份数、金额、税额三列内容，保证数据完整性和准确性。申报填列过程中的风险点如下：
（1）普票份数乱填，填“0”或“1”作为必填项名义份数
经了解，因份数列不影响申报抵扣数据准确性，很多纳税人在增值税申报过程中，会随意填写该列。填入“0”“1”等名义份数的纳税人比比皆是。该项申报问题虽不影响企业申报抵扣金额，但建议企业如实按照台账数据申报，以防税局征收管理问询或是出现影响企业纳税信用等级等不良后果。
（2）普票进项抵扣的“金额”与“税额”列比例不合逻辑
一般企业普票进项税额申报最常见的是国内旅客运输服务发票数据的申报，旅客运输填列在第8b栏，填列信息包含份数、金额和税额。而除份数外，金额和税额是存在内在数据验证逻辑的：
比如：除可能存在少量桥闸通行费纸质发票登记外（计算税率5%），上图8b栏主要用于填写旅客运输服务可抵扣的普票信息，旅客运输服务普票计算税率为9%、3%两档。那么8b栏的检验逻辑：3%<税额÷金额<9%;
经了解，存在大量纳税人申报填写税额和金额列时比例异常，甚至有财务在税额列与金额列填写相同的数据，这种明显的错误申报将是税局后续对于普票抵扣的风险提示点和关注点。
（3）期间费用中的“差旅费”比较不合逻辑
除申报表的金额与税额存在数据逻辑外，企业在汇算清缴中会填入差旅费明细金额，如下图：
企业所得税年度纳税申报表-A104000期间费用明细表
如图所示，该行填列年度差旅费金额。因可抵扣国内旅客运输服务金额均来源该科目，财务人员需注意这两部分金额的内在逻辑关系。如：2019年4月1日以后旅客运输允许抵扣，那么在2020年对计算出的国内旅客运输可抵扣发票金额列与差旅费的月度占比可与2019年汇算清缴时的月度占比进行波动分析，甚至2020年度与2019年度的差旅费波动、差旅费占营业收入比例的年度波动数据等，都可以成为税局分析贵公司差旅费、国内旅客运输服务费用是否合理的数据支撑。建议财务人员严格审核差旅费、如实申报和填写申报数据，防止偷漏税风险。
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