《大典》虽有典守制度，但并不能防止官吏的盗窃。乾隆三十七年（1772）修纂《四库全书》时要从《大典》中辑佚书籍，曾清查《大典》，发现缺失2422卷，1000余册，其中不少应该是清代官吏窃走的。《四库全书》总裁纪昀曾对《大典》之缺深为叹息。乾隆三十八年清高宗曾下谕旨查询徐乾学、高士奇、王鸿绪、蒋廷锡等人家中是否私匿《大典》，但一本也没有找到。这是《大典》副本的第一次丢失记录。
乾隆三十九年（1774），又发生了纂修黄寿龄遗失《大典》六册但失而复得的事件。乾隆三十九年六月十三日晚上，四库馆纂修官黄寿龄将《大典》六册用布包裹好带回家，准备晚上接着校对。带书离馆时他并没有告诉主管四库馆图书的提调官。他坐车到米市胡同时，下车如厕，等回来时发现六册《大典》已被连包窃去。他发现之后四处找了一通，没有找到。
《大典》被窃之后，黄氏大概很快就报告了四库馆。六月二十五日，四库馆总裁将此事汇报乾隆，并说明已分派步军统领衙门番役营捕及五城司坊官役等，设法抓紧缉查，务必将原书查获。乾隆获悉后很生气，当天即下了谕旨，让总裁舒赫德负责调查，并说：四库馆中备有饭食，纂修官其实不用加班；借书有提调负责，有关人员应尽快查明此事，确定各人应负的责任。接下来，进行了全城搜查，为了六册书而兴师动众如此，可谓空前绝后，足可见朝廷对《大典》的重视程度。
20 世纪 50 年代，北京图书馆的工作人员正在清点整理收藏的《永乐大典》
最后，遗失的六册《大典》于七月十五日夜在御河桥河沿上被官方捡得，有关人员当即呈报乾隆。乾隆在十八日下谕旨表示：《永乐大典》六本已经捡回，当然十分好，但是，还要继续搜拿窃贼。米市胡同在菜市口附近、宣武门外，是汉族士大夫聚居之地，但离放回《大典》的御河桥（在东交民巷）有很长距离。窃贼跑这么远去将《大典》放在桥边显眼之处，而不是随便找个偏僻之处丢了，显然还是十分希望《大典》被官方找回的，还算是天良未泯。最后也没有找到偷窃者，这估计永远是个历史之谜了！
乾隆年间失窃案后，《大典》管理严格，没有失窃记载。但到道光、咸丰年间，管理渐松，一直都有《大典》被窃出的记载。嘉庆、道光年间修《全唐文》和《大清一统志》时，《大典》被翰林院官员偷盗出100余册。清刘声木《苌楚斋随笔》记载说，那些官员们“早间入院，带一包袱，包一绵马褂，约如《大典》两本大小，晚间出院，将马褂穿于身上，偷《永乐大典》两本……包于包袱内而出”。《大典》就这样被有机会接触它的官员们一天天偷盗走了。晚清时一些利欲熏心的官吏偷盗《大典》后卖给洋人，《大典》亡佚的速度极快。据缪荃孙的调查，光绪元年（1875）重修翰林院时，《大典》只有5000余册，到光绪二十年（1894），翁同龢曾入翰林院检查，竟只剩下800余册了。
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