书接上回，袁世凯上折建议组建巡警部，掌握了全国的警察，后来又想要练兵。袁本身就是练兵出身，加上现在如身处北洋大臣，练兵就更可以大大发挥了。 于是他奏陈改革军制，拟定“新军募集操练规则十九条”，获得清廷认可。派王英楷、王士珍分赴各地，精选简募壮丁6000人，又选派武卫右军卒业50名到日本陆军士官学校深造，并在保定设立督练公所，把军权集中于参谋、教练、兵备三处。
袁新练的常备军可谓是现在陆军的鼻祖了，他计划先编成常备新军左镇和常备新军右镇两个军制。每镇辖步队二协，马队一标，炮队一标，工程队一营，辎重队一营。全镇官兵共12512名。当时的军制，所谓镇、协、标、营、队等于现在的师、旅、团、营、连。
在这个常备军建立后，王士珍任第一协协统。其后又成立了第二协。当时袁世凯有个新规定，是“用人唯才”，因此新军所有高级将领必须经过考试，成绩最佳的出任高职。第二协成立后，举行了一次考试，考得最高的是冯国璋，因此便由冯出任第二协协统。冯国璋就是冯巩的老爷爷。
常备军就是后来北洋军的源始。
其实这个时候，袁表面风光，但暗地里已经成了不少人的眼中钉，尤其是清朝那些皇亲贵族们。在他们眼里，大清就是自家的东西，但现在袁有点过于重要了，在发展一段时间，有可能会把大清推翻了，天下可能会移主。当然，他们看得还是挺准的。
源始十分机警的，于是这个时候，他壮士断腕，把第一镇、第三镇、第五镇、第六镇四镇的兵权改归兵部大臣直接统辖，只留下驻扎直隶省境以内的第二镇和第四镇以尚须训练为理由，请仍由直隶总督统辖。建议被立即采纳，袁欢乐大大的一口气。但是没多久，另一件让袁世凯远离了中心——慈禧要归天了。
慈溪要归天，最开心的当属光绪了，一旦慈禧归天，那么自己就能亲政们再也不用但傀儡了。最惶恐的可能就是袁世凯，当初戊戌变法，光绪那么信任袁，想要拉拢他，结果他转手就跑到慈禧那边，把光绪卖了。要是慈禧归天，光绪即位，那么袁处境会十分危险。但光绪先慈溪一步走了。但袁也不敢待在北京了。
早在光绪卅四年（1908年），皇帝和太后都在病中时，清廷计划为光绪立嗣以备万一，这时候袁极力支持立庆亲王的长孙为嗣但慈禧并没有同意，慈禧虽然不喜欢光绪，但是她和醇亲王一家人的关系非常密切，因为她的亲妹妹便是嫁给醇亲王奕譞。奕譞的儿子中，一个是光绪，一个是载沣。载沣继承了醇亲王的王位，娶的太太又是慈禧亲信荣禄的女儿。所以慈禧为了这种私情，宁愿把天下交给载沣所生的，才三岁又好哭的溥仪，并命载沣以监国摄政王名义抱了他的儿皇帝统治大清江山。
据说光绪知道后也十分高兴，毕竟是一家人，谁当皇帝也一样，起码不用这么憋屈了。传说他知道自己亲兄弟要作摄政王，也不禁流露了笑容，于是他秘密地写了一个字条给载沣，上面只有四个字，是“杀袁世凯”。
载沣当国后，真的在筹划要替皇兄报仇，诛杀袁世凯。康有为有一封“上摄政王”书，这封信强调光绪之死是袁所杀，请“杀贼臣袁世凯”。
反震不管怎么着，袁世凯想活命，就得离开京城了。于是先称病，回天津养病，之后英国驻清公使朱尔典，拍了胸膛愿意担保袁的生命安全，于是袁世凯才怀着沉重的心情由天津遄返北京，向皇帝谢恩和辞行。
袁来北京的时候，意气风发，慈禧和光绪都想拉拢他，何等的风光；袁离开北京时只有严复和杨度两人送行。袁回到香项城，后移居彰德府北门外的洹上村，每天饮酒赋诗，游山玩水，借以消除清廷满人对他的注意，自号洹上钓叟。虽然这是袁不在京城，但京中动静，朝廷消息，他了若指掌，北洋派大将冯国璋、段祺瑞和其他将领都经常轻车简从来彰德，向袁报告情况，请示做法。可以看出，袁在蛰伏，等待时机复出成就霸业。
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