古籍《灵枢》：经脉流行不止，与天同度，与地同纪。
子午流注中子午是指时间而言，它是地支中的第一数和第七数。子为夜半，午为日中，是阴阳对立的两个名词，是古代人们用来记述年、月、日、时的符号。子为阳之始，午为阴之始。如以一年为例，子是十一月，午为五月，冬至在十一月，夏至在五月（农历）；以气候而言，子时寒，午时热，再以一天言之，子为夜半的23—1点，午时为日中的11—13点，可见子午含有阳极生阴，阴极生阳的意义，说明子午是阴阳转化的起点与界线。
流注二字，流是指水流，注指注输，在这里是将人体的气血循环比做水流，以井、荥、输（原）、经、合来比喻，指出水之发出为井，渐成为细流为荥，所注为输，所行为经，然后汇合入出于泽海，用来表示脉管炎气的流注过程。
子午流注是将机体的气血循行，周流出入，比拟水流，或从子到午，或从午到子，随着时间先后的不同，阴阳各经气血的盛衰，也有固定的时间，气血迎时而至为盛，气血过时而去为衰，泻则乘其盛，补则随其去，逢时为开，过时为阖，定时开穴，以调阴阳，纠正机体的偏盛偏衰来治疗疾病。
子午流注是在"人与自然"的理论指导下，逐渐演变所创立起来的，具有独特意义的一种针刺取穴法。 中医学的宇宙观着重天、地、人合一。人体的健康，受气节变化、地理环境、以致时间运转的影响。每日的十二时辰(每两小时为一时辰)与人体的十二条经脉息息相关，而经脉又与人体的五脏六腑相配。
根据"子午流注""的定律，如果经常在某时辰感到某脏腑不适，可能是该脏腑受病邪入侵，或较虚弱所致。不过，由於脏腑互相影响，问题可能出於其他脏腑。
举例说明：头痛、目赤、失眠、脾胃不适、消化不良，因为工作、应酬繁忙，经常半夜两、叁点才睡。解释：晚上十一时至凌晨叁时行的是胆经及肝经。若该段时间不休息，肝火便会上升，以致头痛充血、感到不适。同时由於肝气上升，影响脾胃，因而感到胃痛。以阴阳五行来解释，肝属木，脾属土，木克土，因此肝若不适，胃脾亦有问题。
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