司令礁位于南沙群岛东南部，在南华礁的东南方，隶属于海南省三沙市永兴岛管辖。
司令礁北距永兴岛980公里， 东距巴拉望岛220公里， 东北距离菲律宾首都马尼拉920公里， 西面距离越南金兰湾 760公里。
司令礁属于单体环礁，为一个长形环礁，东西长16公里，最宽处约3公里，
面积约27平方公里，其中礁坪面积约20平方公里。
从卫星图上可以看出司令礁沙洲的面积较大。
如果考虑到礁盘深度、礁坪集中度、礁坪宽度以及取沙难易程度，司令礁的填海造岛潜力将仅次于柏礁。
司令礁没有 口门发育，船只不能入瀉湖。
岛礁发育有两个瀉湖，像一副“眼镜”。
瀉湖水深5.5-14.5米，中央有高0.6米的沙洲将浅湖一分为二，
我国渔民向称眼镜，类似南海礁之形。东端有礁 高出海面0.3米。
礁盘外坡急陡，水深突变为2,000米。
司令礁附近 盛产马蹄螺、海参等，我国渔民常常到司令礁海域捕捞。
司令礁中部礁坪完整，长约5公里，平均宽度约为1.7公里，
面积约为8平方公里，而且东部小瀉湖完全可以建设成地下水库或者油库，
这样 整个岛礁的东部都可以开发成陆地。
司令礁大瀉湖边缘 南窄北宽，南部宽约460米，北部宽约700米，
西端三角区域宽度则在1.4公里左右，这样的条件已经好于美济岛。
而且司令礁瀉湖深度最深不过15米，取沙十分方便，
完全可以建成一个面积达15平方公里的大岛，面积将是现在南沙群岛陆地面积的总和。
司令礁地处南华水道和南沙海槽 国际航道交汇处，
能够有效监控两个水道的过往船只。
且岛礁距离 巴拉巴克 海峡仅200公里，
巴拉巴克 海峡 是我国核潜艇进出太平洋的重要通道。
综合来看 司令礁自然条件十分优越，地理位置相当重要，开发潜力十分巨大。是南沙群岛不可多得的好礁。
1935年中华民国公布为司令沙洲；
1947年中华民国公布为司令礁；
1983年中国政府公布名称为司令礁。
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